浙江大学“基因组科学”(16期/总36期)研习班

时间: 2011-11-25 至 2011-12-2
地点:杭州 浙江大学华家池校区
主办单位: 浙江大学浙江加州国际纳米技术研究院、中国科学院北京基因组研究所
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会议简介

浙江大学浙江加州国际纳米技术研究院 中国科学院北京基因组所 浙江大学“基因组科学”(16期/总36期)研习班通知
开 班 时 间:2011年11月25日至12月2日
上 课 内 容:基因组学、蛋白质组学、系统生物学
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上机实习内容:
1.基因组数据注释和分析;2.核苷酸序列分析; 3. 芯片数据的基本处理和分析; 4. 蛋白质结构与功能分析; 5.蛋白质组学数据分析; 6.系统生物学软件实习-网络结构显示与分析。

随着众多生物基因组测序项目的完成,生物学数据正在加速度增长。如何科学地分析和注释这些高通量数据,已成为生物学工作者急需学习和解决的问题。 我们将为您提供学术殿堂,请您参加我们举办的“基因组科学”研习班。这里您将可以听到于军教授(注:于军被《科学美国人》评为2002年度世界科学领袖)亲自主讲的基因组学基础知识和前沿进展。杨军、陈铭教授分别主讲系统生物学和蛋白质组学的研究方法和思路。

我们也将为您邀请经验丰富的胡松年等教授给您细说基因转录组的测定及分析、基因芯片、新一代测序等实验技术的关键事项。如果您正在从事研究工作并想进一步提升科学研究水平,不妨来这里倾听浙江大学郑树教授、杨军教授、薛庆中教授分别述说在医学和农学应用中的经验和体会。

如果您想学习从互联网公共数据库获取数据、处理数据的方法,从中挖掘有价值的信息资源,您更应该来参加我们举办的“基因组科学”研习班。我们将为您提供优质服务,每人一台PC机,让您紧随大屏幕演示“跟我学”操作。上机实习课6次,带您进入基因组科学大门,辅导您运用网上的软件和工具,绘制进化树,探讨物种起源;从错综复杂的网络中,梳理分子间的相互作用。6天短暂的学习肯定会让您学有所获。我们还给您提供科学出版社发行的最新教材,便于自学、温故知新、复习巩固。

凡来参加过学习的学员都夸我们的研习班工作认真负责,给学员们提供了极好的“充电”机会。至今我们已举办35期,每期150人左右,学员遍布全国30余个省市。每次研习班都有近20名教授、研究员参加,更多是硕士生、博士生等年轻学者。他们中有一些带着课题或问题前来交流和联系;也有的通过研习班建立了协作关系,共同申请课题,发表论文,其中不少优秀的研究成果,已在SCI期刊上发表。

不学不会,早学早会。有志或有兴趣学习基因组、蛋白质组、系统生物学的科研工作者、高校教师及研究生,热烈欢迎您前来杭州参加“基因组科学”研习班

一、培训班上课内容

上课内容涵盖“基因组学->蛋白质组学->系统生物学”的研究方法、技术思路、前沿进展及其在各生物学科中的应用。主要内容如下:

1. 基因组的比较研究、DNA测序技术原理与进展(讲课人:于 军 教授)
2. 基因转录组的测定及分析、大规模测序方法及应用、微生物基因组学(讲课人:胡松年教授)
3. 蛋白质组学和系统生物学应用及数据分析(讲课人:杨军、陈铭教授等)
4. 基因组学、蛋白质组学、系统生物学在医学、农学中的应用 (讲课人:郑树、薛庆中教授)
二、培训班上机内容

上机实习课采用 “跟我学”方式,学习生物信息学软件使用,每人一台PC机跟着大屏幕一步步学会基因组学、蛋白质组学数据分析的基本方法。主要内容如下:

实习一: 基因组数据注释和功能分析

通过序列比对工具BLAST的学习,了解基因功能注释的原理;介绍多序列联配工具ClustalX及分子进化分析软件MEGA4,掌握系统发生树绘制的基本方法,认识基因复制在进化上的功能。

实习二: 核苷酸序列分析

学习基因序列分析常用的数据库和软件,包括:基因预测,编码区结构分析,选择性剪切分析,基因启动子预测,基因调控元件预测,密码子偏好性分析等内容。

实习三: 芯片的基本数据处理和分析

 使用TM4软件来实现芯片的数据采集,低质量过滤,标准化处理及聚类等可视化分析;使用GenMAPP软件挖掘芯片数据在代谢途径中的生物学意义;介绍NCBI GEO数据库,学习检索和提交芯片数据。

实习四:蛋白质结构与功能分析

 从数据库搜索感兴趣的蛋白质氨基酸序列开始,接着对蛋白质基本理化性质、二级结构、和三维空间结构和序列模体进行分析,预测目标蛋白的生物功能。

实习五: 蛋白质组质谱分析

使用X!Tandem、Mascot、Sequest等软件鉴定蛋白质质谱数据,将质谱结果匹配到蛋白质组数据库鉴定蛋白;使用TPP软件包进行统计学分析和优化检索结果练习。

实习六:系统生物学软件实习-----网络结构显示与分析

利用Cytoscape系统生物学分析软件,分析蛋白-蛋白相互作用,展示分子网络系统,并与基因表达等数据整合。

欲知详细课表和培训效果请见纳米技术研究院网页:
http://www.zcni.zju.edu.cn/px_xinsheng.php
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三、培训对象

从事生命科学、农学、医学等领域科研工作者和高校教师及研究生。

四、报名方法

若对本期研习内容有兴趣,请点击马上报名按钮在线提交报名回执 。我们会立即回信,并登记在册,排定课表后发给您详细教学日程表(每节课时间、讲课主题、讲课人等)。同时请您确认。然后发给您报到通知同时排定上机号。

五、教材

“DNA和蛋白质序列数据分析工具”(第二版), 薛庆中等编著,科学出版社出版 2010年4月发行。

六、其他事项

培训地点:杭州 浙江大学华家池校区
收费标准:培训费¥3000/人。 安排食宿、费用自理。
联 系 人:陈爱华 联系电话:13336100452
传 真:0571-86971760
电子邮件地址:genetrain@zju.edu.cn

浙江大学浙江加州国际纳米技术研究院
中国科学院北京基因组研究所
2011年9月1日

联系方式

联系人:陈爱华

E-mail:

电 话:13336100452

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