LAMMPS分子动力学核心技术培训

时间: 2019/11/21 至 2019/11/24
地点:北京林业大学
主办单位: 中国管理科学研究院职业资格认证培训中心
承办单位: 北京中科软博信息技术研究院
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会议简介

LAMMPS分子动力学核心技术实战培训班

各企事业单位、高等院校及科研院所

分子动力学模拟被广泛用于生命科学、化学工程、物理、医药、材料科学等领域。由于传统实验需要大量的人力物力而且耗时,而计算机模拟的方法省时省力,能有效提高科研效率;目前,分子动力学模拟能在很大程度上进行预测指导实验,因此模拟与实验的对照是将来研究的主要方向之一。分子动力学模拟作为一种理想的计算机模拟方法,可以用来模拟两相之间的相互作用,也是对计算和实验的补充。

    应广大学员要求,中国管理科学研究院职业资格认证培训中心http://www.cnzgrz.org.cn/)特举办“LAMMPS分子动力学核心技术实战培训班”本次培训主讲内容围LAMMPS分子动力学核心技术开展,以实际科研工程中典型的实例为主线,对前沿的分子动力学模拟计算方法及应用进行了全面的讲解,同时进行深入的案例分析,帮助学员掌握和利用LAMMPS这一软件平台进行仿真计算与产品的研发工作。     

    本次培训由北京中科软博信息技术研究院和北京中际英才文化传媒有限公司具体承办,相关事宜通知如下:

一、课程目标:

1.  LAMMPS分子动力学理论与软件操作培训,边讲解边实践操作。

2. 通过本课程的学习,学员熟练掌握LAMMPS分子动力学的原理、方法、软件操作。

3. 学员基本具备独立完成LAMMPS分子动力学的论文及实际科研工程的能力。

二、课程特色:

1. 资深专家深入讲解LAMMPS分子动力学相关理论和操作技能;由浅入深、从理论到实践全面解析;

2. 专家学员互动、答疑解惑、分享经验;专家推荐经典学习书籍、网络资源等。

3. 由浅入深带你吃透LAMMPS分子动力学,掌握理论知识点及实践诀窍,理论与上机实操培训相结合,学习效率有保证。

三、时间地点:  

            2019年1121日—— 2019年1124日   北 京

         (时间安排:第一天报到、授课三天、大学机房授课)

、参会对象:

本次培训课程针对全国高校及各省市、自治区从事材料科学、分子模拟、力学、生物与医学、化学与化工、机械与自动化、物理、能源与环境等相关的科研单位技术骨干、科研院所研究人员和高等院校相关专业教学人员及在校研究生、硕士、博士等相关人员,以及分子模拟计算的广大爱好者。

、培训课程大纲

一、LAMMPS基础

1  分子动力学模拟入门理论——掌握lammps的in文件中各命令的意义

1.1系综理论

1.2主要算法介绍

1.3积分步长的选取

1.4温度和压力控制

1.5周期性边界条件

1.6分子动力学模拟流程

二、LAMMPS入门学习

2  LAMMPS入门操作基础

2.1 Linux命令入门基础——熟练掌握LAMMPS所用的Linux命令

2.2 LAMMPS中一些安装包的介绍——为以后创建自己体系进行选择性安装

2.3 LAMMPS的linux版串行和并行及GPU版编译安装——掌握LAMMPS的编译方法,针对自己体系编译可执行文件。

2.4 LAMMPS的in文件结构格式、基本语法及常用命令讲解、data文件格式。

2.5 LAMMPS实例讲解。

实例操作:在linux系统编译安装自己的LAMMPS可执行程序。

三、LAMMPS进阶学习

3. LAMMPS各种参数计算

3.1 颗粒模拟

3.2 可视化快照

3.3 弹性常数模拟

3.4 计算热导率

3.5 计算粘度

3.6 计算均方位移

3.7 计算径向分布函数

3.8 计算扩散系数

3.9 计算能量数据

3.10 Lammps常见错误及解决途径

实例操作:学员结合自己的科研方向,选择运行契合自己研究方向的例子

四、Lammps的建模

4   LAMMPS建模——掌握基本操作流程

4.1  掌握lattice命令建立晶体模型

4.2  Packmol建模语法学习及实操

4.3  Material Studio建模学习及实操

4.4  VMD建模学习及实操

:实例操作:把上述实操模型转换成lammps的data文件

五、从examples的简单例子,到完成自己的科研课题

5 通过examples中的例子,理解要模拟对象的物理意义

5.1  运行examples\flow 到建立水分子在石墨烯片层(碳纳米管)内的流动模拟

5.2  运行examples\shear 到石墨烯力学性质模拟

5.3  运行examples\friction 到金属/合金的摩擦模拟

5.4  特殊结构的模拟建模(C60系列模型)

实例操作:学员探索由简单例子到自己科研课题的模拟过程

六,环氧树脂在二氧化硅表面吸附建模(CVFF力场)

6 环氧树脂在二氧化硅表面吸附吸能的影响

模拟过程

6.1 创建构型文件

6.2 建立输入脚本

6.3 运行能量最小化及体系的预松弛

6.4 压缩盒子达到指定的密度(针对不同研究体系掌握压缩方法的不同,并掌握判断方法和依据)

6.5模拟步骤:包括能量最小化-NVT平衡-NPT平衡-对研究目标的性质进行长时间轨迹平衡-输出研究所关心的性质。

6.6. 查看动态轨迹和特殊帧的图片显示(采用VMD软件做出漂亮的图片和视频,学会用tcl脚本控制输出)

6.7 数据分析(origin软件的使用)

6.7.1 MSD分析

6.7.2 计算RDF

6.7.3 计算密度分布

七、LAMMPS高级研修,自建分子力场参数文件和金属有机框架材料晶体模型

7 LAMMPS分子力场文件创建及MOFs材料建模

7.1  介绍固体材料单晶包试验数据结构,掌握基本的材料几何特征

7.2  利用MS软件构建MOFs材料单晶包模型和H2和CO2分子模型

7.3  分子作用势能函数,编写MS软件中的力场参数文件(off文件)

7.4  巨正则系综Monte Carlo方法

7.5  利用Sorption模块将H2和CO2分子插入到MOFs材料

7.6  编写LAMMPS力场文件(frc文件),并通过lammps程序生成data文件

7.7  运行能量最小化及体系的预松弛

7.8  模拟步骤:包括能量最小化NVT平衡,对研究目标的性质进行长时间轨迹平衡-输出研究所关心的性质。

实例操作:金属有机框架(MOFs)储氢和碳捕集模拟

八、分子筛纳米膜分离H2/CO2混合气体模拟

(模拟文献Science 346 (6215), 1356-1359)

8 研究H2/CO2在ZIF-7膜材料中分离性能

模拟文献Science 346 (6215), 1356-1359的分离过程

8.1  利用MS软件构建ZIF-7膜材料单晶包

8.2  设计H2/CO2与ZIF-7体系模型,再现文献“Science 346 (6215), 1356-1359”的实验过程

8.3  自定义分子力场文件(frc文件),并通过lammps程序生成data文件

8.4  运行能量最小化及体系的预松弛

8.5  模拟步骤:包括能量最小化-NVT平衡,对研究目标的性质进行长时间轨迹平衡-输出研究所关心的性质

8.6  采用VMD查看动态轨迹

8.7  数据分析,计算RDF,MSD,密度分布,选择性等

:实例操作:包括在VMD中查看可视化的动态轨迹,计算密度分布,分子的MSD等,抽取轨迹的动能、势能、总能量等相关数据,对轨迹进行初步分析

九、辅助课程

1.其他相关软件的功能介绍,如GROMACS、VASP、NAMD、MS等

2.建立微信群QQ群,建立长期技术问题答疑平台

 

、费用标准:

A,每人3900元(含培训费、资料费、证书、午餐费)住宿可统一安排,费用自理。

B类,每人4580元(含培训费、资料费、证书、午餐费)住宿可统一安排,费用自理。

、颁发证书:

    参加相关培训并通过考试的学员,可以获得:

A类,中国管理科学研究院职业资格认证培训中心颁发的《LAMMPS分子动力学应用工程师》(高级)专业技能证书,官方网站查询,该证书可作为有关单位专业技术人员能力评价、考核和任职的重要依据。

B类,工业和信息化部全国网络与信息技术考试管理中心颁发的《LAMMPS分子动力学》职业技能证书官方网站查询该证书直接纳入专业人才数据库。(加上A类共两本证书)。    

注:请学员带两寸彩照两张(背面注明姓名)、身份证复印件和学历证明复印件各两张。

、联系方式:

联系人:李子康(老师)       官方咨询QQ:3255984613         机:17777851320(同微信)            

联系 电话:010-56129268     网址:http://www.cnzgrz.org    E_mail3255984613@qq.com   

lammps分子动力学QQ群号753267868 (加群备注:李子康邀请)

培训班报名回执表

单位名称

 

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□会议费□培训费□资料费

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希望通过培训

解决哪些问题

问题一:

问题二:

培训费

万仟佰拾元

缴费方式

 

1,现场办理刷卡、现金、支票;

2,汇款、转账方式;

户名:北京中科软博信息技术研究院

开户行:中国工商银行北京科技园支行

账号:0200296409200279295

户名:北京中际英才文化传媒有限公司

开户行:中国建设银行北京东大街支行

账号:11001069600053042607

是否需要住宿:口是口否

入住日期_______,住宿天数_____天

标准间______间,大床房______间

参会单位盖章:

参会学员签名:          2019年月日

联系方式

联系人:李子康

E-mail:

电 话:17777851320

地 址:北京市房山区绿地缤纷城9号楼702

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